2018-жылдын 31-декабрында КР УКМК Башкы тергөө башкармалыгы тарабынан Ссапар Исаковго КР Кылмыш кодексинин 303-беренесинин 2-бөлүмү (оор жагдайларды жараткан коррупция) боюнча айып тагылды.
Тергөө иштеринин жүрүшүндө, 2016-жылы КР өкмөтү Түркия Республикасынын аремьер-министринин Аппараты алдындагы Кызматташтык жана өнүктүрүү боюнча Түркия башкармалыгы (ТИКА) менен мамлекеттик тарых музейин толук реконструкциялоо боюнча келишимге кол коюлганы аныкталды. Келишим боюнча Түркия үч жылдын ичинде 15 млн. АКШ доллар эсебинде гранттык каражат бөлүп бермек.
Бирок, музейди реконструкциялоодо КР Президентинин аппаратынын мурунку жетекчиси С.Исаковдун жана башка кызмат адамдарынын жумушту 2017-жылдын 31-августуна чейин бүтсүн деген негизсиз талаптарынан улам Түркия тарап жумушту улантуудан баш тарткан. Жыйынтыгында, музейди реконструкциялоо үчүн мамлекеттик бюджеттен 1 млрд. 520 млн. 309 миң сом өлчөмүндө кошумча каражат сарпталган.
Белгилей кетсек, аталган сумманын 4 млн. АКШ доллары музейдин тегерек-четин, фасаддык бөлүгүн оңдоого, көрктөндүрүүгө сарпталган.
2017-жылы С.Исаков жеке адамдар менен мыйзамсыз туруктуу байланыш түзүп, КР мыйзамдарын бузуп, өлкө кызыкчылыктарына каршы мамлекеттик сатып алуунун процедурасын өткөрбөстөн, музейге жаңы экспозиция жасатууга Германиялык компанияны катыштырган.
Натыйжада, белгиленген компания КР маданият, маалымат жана туризм министрлиги бекиткен музейдин концепциясына туура келбеген экспонаттарды жана жабдыктарды, атап айтканда, кафетерийге кымбат баадагы жабдуулар, эки ак аттын макетин, 59 дарактан турган инсталляцияга жана анын жыгач койгучтарына баардыгы болуп 55 млн.593 миң 772 сом жумшалган.
Немец компаниясы тарабынан алынып келинген керектелүүчү материалдардын (клей, кагаз скотч, силикон түтүкчөсү,кол каптар, балка, бургу,таштанды кабы ж.б.) баасы Кыргызстандагы ички базардагы баасынан айырмасы 3 млн. 785 миң 600 сомду түзгөн.
Мындан тышкары, немец компаниясы менен улуттук валютада эмес евро курсу менен түзүлгөн мыйзамсыз келишимдин айырмасы 42 млн. 311 миң 428 сомду түзгөн.
Ошентип, С.Исаковдун жана башка кызмат адамдарынын жасаган кылмыш иштери мамлекетке 101 млн. 690 миң 800 сом өлчөмүндө зыян келтирилген.
Бүгүнкү күнгө чейин музейди реконструкциялоо иштери бүтө элек.